L’un des plus gros inconvénients de l’introduction du Web 3.0 est l’extrême vulnérabilité des données intégrées. Puisqu’un seul compte contiendra toutes vos données personnelles et informations sensibles, une fois qu’une entité malveillante telle qu’un cybercriminel le piratera, elle pourra potentiellement contrôler votre vie entière. C'est comme si une seule porte (ou un seul mot de passe) permettait d'accéder à tout ce que vous possédez, de votre compte Facebook à votre courrier électronique, PayPal, compte bancaire et même vos technologies de maison intelligente. Quelle que soit la solidité de cette « porte », une fois ouverte, votre vie entière peut être en jeu.
Dans un monde où tout est interconnecté, l’utilisation et la gestion des données personnelles deviendront une question encore plus délicate, et des politiques de confidentialité bien plus solides devront être appliquées. La responsabilité doit être abordée, car il sera plus difficile de définir à qui appartiennent les données et qui sera responsable en cas de violation, quelle qu'elle soit (d'autant plus que les conséquences seraient encore plus graves, comme expliqué ci-dessus). Par exemple, il existe actuellement d’innombrables types d’entités commerciales différentes, il est donc nécessaire de mettre en place un système solide pour déterminer les responsabilités individuelles (et les identités commerciales).
D’un autre côté, toute la question de l’identité numérique dans le Web 3.0 est probablement bien plus compliquée que cela. La protection de la sûreté et de la sécurité des individus peut finir par justifier des pratiques immorales ou invasives. Les gouvernements moins scrupuleux peuvent utiliser leur pouvoir pour collecter des données sur les citoyens sous prétexte de prévenir la criminalité ou de déterminer une preuve d'identité, puis de les utiliser à des fins néfastes. Il est facile de comprendre comment un gouvernement détenant l’identité de chaque citoyen peut faire dégénérer progressivement la société vers une dystopie orwellienne.
Et si un contrôle strict de tous les contenus publiés peut paraître un scénario inquiétant, la déréglementation généralisée qui caractérise déjà le Web 2.0 n’est pas non plus dénuée d’enjeux. Le cyberespionnage, les fausses nouvelles et la manipulation de l'information ont exposé de nombreux pays au danger de devenir des « colonies numériques » de grandes entreprises ou d'autres pays, et cela va encore s'aggraver avec le Web 3.0. De nombreux pays hautement industrialisés ont déjà commencé à prendre des mesures contre les géants du numérique pour protéger leur souveraineté numérique, mais il est facile de comprendre à quel point la situation peut facilement devenir incontrôlable.